Spécialité SVT, Première • Exercices corrigés à Montréal

Exercices corrigés : maladies génétiques, mutations et patrimoine génétique (Première spécialité SVT)

Voici dix exercices corrigés de spécialité SVT de Première sur les maladies génétiques, au programme français suivi en France et dans les lycées du réseau AEFE : les parties « Mutations et santé » et « Patrimoine génétique et santé » du thème Corps humain et santé.

Ce que couvre la série, les pièges traités

Ils couvrent la maladie monogénique autosomique, récessive et dominante, l'arbre généalogique, l'homozygote atteint et l'hétérozygote porteur sain, le risque génétique et le conseil génétique, le catalogue d'allèles qui relie un génotype à un phénotype, les traitements et la thérapie génique, puis les maladies multifactorielles et l'épidémiologie descriptive et analytique, par cohorte et cas-témoins.

À la fin de la série, vous savez établir un mode de transmission sur un arbre (exercice 3), calculer un risque pour un enfant à naître et le mettre à jour après un test (exercices 4 et 10), relier une mutation de la séquence au phénotype à trois échelles (exercices 2 et 6), classer un traitement (exercices 7 et 10) et lire une cohorte pour juger une affirmation sur « le gène de » une maladie (exercice 9). Les situations : mucoviscidose et allèles du gène CFTR, phénylcétonurie et régime, hypercholestérolémie familiale, bêta-thalassémie et électrophorèse des hémoglobines, diabète de type 2 suivi dans une cohorte fictive. L'exercice 5 est un exposé structuré et l'exercice 10 un problème sur documents, aux formats des deux exercices de l'évaluation.

Les pièges traités : répondre un sur deux au lieu de deux sur trois pour le frère sain d'un enfant atteint (exercice 4), croire qu'un enfant atteint « épuise » le risque de la fratrie (exercices 4 et 8), conclure à la dominance dès qu'un arbre est compatible avec elle (exercice 3), annoncer un décalage du cadre de lecture pour toute délétion (exercice 6), penser qu'une thérapie génique des bronches change ce que le patient transmet (exercices 1 et 8), et passer d'un allèle qui rend une maladie plus probable à un « gène du diabète » (exercices 8 et 9).

Le fil de la série : le service de génétique médicale d'un hôpital fictif, qui reçoit une famille par exercice. Chaque dossier part d'un phénotype observé et remonte au génotype. Le génotype ne se voit pas, il se déduit ; un risque est une probabilité calculée sur ce que l'on sait déjà, jamais une certitude. La drépanocytose, autre exemple classique du programme, est travaillée dans la série sur l'expression du patrimoine génétique.

  • 10 exercices corrigés
  • Durée : 2 h 30
  • Autocorrigée, 81 réponses
  • Calculatrice
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Rappel de cours

  • • ALLÈLE ET GÉNOTYPE : un gène existe sous plusieurs versions, les allèles. Le génotype est le couple d'allèles d'une personne, écrit (A//a)(A//a) ; le phénotype se lit à trois échelles, moléculaire, cellulaire et de l'organisme.
  • • MODE AUTOSOMIQUE RÉCESSIF : seuls les homozygotes pour l'allèle muté sont atteints ; les hétérozygotes sont porteurs sains. Signature dans un arbre : deux parents sains et un enfant atteint.
  • • MODE AUTOSOMIQUE DOMINANT : un seul allèle muté suffit à la maladie. Un arbre où chaque atteint a un parent atteint est COMPATIBLE avec ce mode ; c'est la rareté de l'allèle qui le fait retenir.
  • • RISQUE GÉNÉTIQUE : deux porteurs, 14\frac{1}{4} à chaque naissance ; frère ou sœur non atteint d'un atteint, 23\frac{2}{3} d'être porteur ; parent hétérozygote atteint d'une maladie dominante, 12\frac{1}{2}. Un test remplace une probabilité par une certitude.
  • • TRAITEMENTS : compenser la fonction altérée par un médicament, contrôler les conditions de milieu (régime), ou thérapie génique dans les cellules du tissu atteint, qui ne modifie pas ce que le patient transmet.
  • • MALADIE MULTIFACTORIELLE : plusieurs gènes, le mode de vie et le milieu. Un allèle de susceptibilité rend la maladie plus probable, pas certaine. Cohorte : on suit des non-malades et on calcule une incidence ; cas-témoins : on compare des malades à des témoins.

Partie A : mobiliser ses connaissances (/50)

Exercice 1 : QCM : le vocabulaire des maladies génétiques

7 réponses vérifiables

Pour chaque item, une seule proposition est exacte. Les situations sont celles des familles reçues par le service de génétique médicale d'un hôpital (fictif), qui sert de fil à toute la série.

  • a) Dans une maladie monogénique autosomique récessive, sont atteintes les personnes :A)hétérozygotes pour l'allèle mutéB)homozygotes pour l'allèle mutéC)qui portent au moins un allèle mutéD)de sexe masculin seulement
  • b) Deux parents hétérozygotes pour une maladie autosomique récessive attendent un enfant. La probabilité qu'il soit atteint vaut :A)14\frac{1}{4}, quel que soit son rang de naissanceB)14\frac{1}{4} pour le premier enfant, puis moins si un aîné est déjà atteintC)12\frac{1}{2}D)34\frac{3}{4}
  • c) Un arbre généalogique montre un enfant atteint dont les deux parents sont sains. On en déduit que l'allèle responsable est :A)dominantB)récessifC)forcément apparu chez l'enfantD)porté par un chromosome sexuel
  • d) Le conseil génétique consiste à :A)choisir le génotype d'un enfant à naîtreB)estimer, à partir de l'arbre et des analyses, la probabilité qu'un enfant soit atteint, et en informer la familleC)guérir les porteurs sainsD)prouver qu'un enfant sera atteint
  • e) Une thérapie génique de la mucoviscidose qui apporte un allèle fonctionnel du gène CFTR aux cellules de l'épithélium bronchique :A)modifie aussi les cellules reproductrices du patientB)vise à rétablir la fonction de la protéine dans le tissu atteint, sans modifier ce que le patient transmetC)supprime l'allèle muté de toutes les cellules du corpsD)remplace le régime alimentaire
  • f) Une pathologie multifactorielle comme le diabète de type 2 :A)est due à un seul gène mutéB)n'a aucune composante génétiqueC)résulte de l'interaction de plusieurs gènes, du mode de vie et du milieuD)se transmet avec un risque de 14\frac{1}{4} par enfant
  • g) Une étude de cohorte :A)compare des malades à des témoins non maladesB)suit dans le temps des personnes non malades au départ, plus ou moins exposées à un facteurC)ne porte que sur des maladesD)teste un médicament sur des souris

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a)
b)
c)
d)
e)
f)
g)
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Réponses

  • a) B : seuls les homozygotes pour l'allèle muté sont atteints
  • b) A : 14\frac{1}{4} à chaque naissance
  • c) B : l'allèle est récessif
  • d) B : estimer un risque et informer
  • e) B : rétablir la fonction dans le tissu atteint
  • f) C : plusieurs gènes, mode de vie et milieu
  • g) B : suivre dans le temps des personnes non malades au départ
a)

Réponse B. Un hétérozygote possède un allèle normal et un allèle muté ; l'allèle normal suffit en général à assurer la fonction, donc il est porteur sain.

La proposition C décrit les porteurs, pas les malades. D confond « autosomique » et « lié au sexe » : un autosome est un chromosome non sexuel, porté de la même façon par les deux sexes.

b)

Réponse A. Chaque parent transmet l'allèle muté avec la probabilité 12\frac{1}{2}, indépendamment de l'autre :

P(atteint)=12×12=14\displaystyle P(\text{atteint})=\frac{1}{2}\times\frac{1}{2}=\frac{1}{4}

Piège : B suppose que les naissances se « répartissent » le risque. Chaque conception est un nouveau tirage : un couple peut avoir deux enfants atteints, ou quatre enfants sains.

c)

Réponse B. Les parents sont sains et pourtant chacun a transmis un allèle muté : chez eux, cet allèle était présent mais masqué par l'allèle normal, ce qui définit un allèle récessif.

C n'est pas impossible (une mutation nouvelle existe), mais elle est rare : ce n'est pas ce que l'arbre permet de conclure en priorité. D sort du cadre : le programme se limite aux gènes autosomiques.

d)

Réponse B. Le conseil génétique calcule une PROBABILITÉ à partir de ce que l'on sait (arbre, analyses), et la famille décide ensuite, informée.

A et D sont deux contresens : on ne choisit pas un génotype, et une probabilité ne prouve rien pour un enfant donné.

e)

Réponse B. La thérapie génique envisagée vise les cellules du tissu atteint, ici l'épithélium bronchique. Ce sont des cellules somatiques : les cellules reproductrices gardent leurs allèles, et le patient peut toujours transmettre l'allèle muté.

C est faux : seules les cellules qui reçoivent l'allèle sont concernées, et l'allèle muté reste en place.

f)

Réponse C. La plupart des pathologies d'origine génétique dépendent de nombreux gènes, pas tous connus, et de facteurs du mode de vie et du milieu (alimentation, activité physique).

D applique à tort le calcul d'une maladie monogénique : aucun risque simple en 14\frac{1}{4} ne décrit une maladie multifactorielle.

g)

Réponse B. Une cohorte part de personnes non malades, note leurs expositions (génotype, mode de vie), puis compte les cas qui apparaissent : elle permet de calculer une incidence.

A décrit l'autre méthode de l'épidémiologie analytique, l'étude cas-témoins, qui part des malades et remonte aux expositions.

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Exercice 2 : Mucoviscidose : du génotype au phénotype, à trois échelles

12 réponses vérifiables

Premier dossier du service : la famille de Samuel, dont la sœur est atteinte de mucoviscidose. Cette maladie autosomique récessive est due à des allèles mutés du gène CFTR. Ce gène gouverne la synthèse d'une protéine de la membrane plasmique : un canal qui laisse sortir les ions chlorure (Cl−\mathrm{Cl^{-}}) de la cellule. La sortie des ions chlorure entraîne celle de l'eau, qui hydrate le mucus des bronches.

Le document schématise une cellule de l'épithélium bronchique d'une personne non atteinte (A) et d'une personne atteinte (B). Échelles non respectées.

Cl⁻Cl⁻Cl⁻Cl⁻12345A. personne non atteinteB. personne atteinte
  • a) Légendez le document A : nommez les éléments 1 à 5.
  • b) Classez chaque observation selon l'échelle du phénotype (moléculaire, cellulaire ou de l'organisme) :(1)la protéine CFTR reste dans le cytoplasme(2)la cellule ne fait plus sortir les ions chlorure(3)le mucus bronchique est épais et collant(4)des infections respiratoires à répétition
  • c) La sœur de Samuel porte les allèles F508del et G542X du gène CFTR. Nommez ce que désigne ce couple d'allèles, puis indiquez combien de ses allèles CFTR permettent de produire une protéine fonctionnelle.
  • d) Samuel n'est pas atteint, mais il pourrait porter un allèle F508del. Expliquez pourquoi une personne qui porte un allèle normal et un allèle F508del ne présente, en général, aucun signe de la maladie.
  • e) Rédigez en quelques lignes la chaîne qui relie le génotype de la sœur de Samuel à ses infections respiratoires, en passant par les trois échelles du phénotype.

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a)
b)
c)
d)
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Réponses

  • a) 1 mucus, 2 cil, 3 protéine CFTR, 4 membrane plasmique, 5 noyau
  • b) (1) moléculaire, (2) cellulaire, (3) organisme, (4) organisme
  • c) Son génotype ; aucun de ses deux allèles CFTR n'est fonctionnel
  • d) Un seul allèle normal fait produire assez de canaux CFTR : le porteur est sain
  • e) Génotype muté, protéine absente de la membrane, chlorure et eau retenus, mucus épais, infections
a)

Je vois, sur la cellule A : au-dessus de la cellule, une couche de liquide puis une couche de mucus (1) ; des cils (2) qui baignent dans le liquide ; une protéine en deux parties (3) qui traverse la membrane, parcourue par la flèche des ions chlorure ; la limite de la cellule (4) ; le noyau (5).

J'en déduis les légendes : 1 mucus, 2 cil, 3 protéine CFTR (canal à ions chlorure), 4 membrane plasmique, 5 noyau, qui contient les deux allèles du gène CFTR.

b)

L'échelle moléculaire est celle de la protéine : (1), la protéine CFTR mutée reste dans le cytoplasme au lieu d'atteindre la membrane.

L'échelle cellulaire est celle du fonctionnement de la cellule : (2), plus d'ions chlorure exportés, donc moins d'eau à la surface de la cellule.

L'échelle de l'organisme regroupe ce que l'on observe chez la personne : (3), un mucus épais que les cils couchés ne font plus remonter, et (4), des infections, car les bactéries restent piégées dans ce mucus.

Piège : classer le mucus à l'échelle cellulaire parce qu'il touche les cellules. Il est sécrété hors des cellules, dans la lumière des bronches.

c)

Le couple d'allèles que porte une personne pour un gène est son génotype ; ici on l'écrit (F508del//G542X).

Les deux allèles sont différents, mais tous deux mutés : aucun ne permet de produire une protéine CFTR fonctionnelle, et la maladie se déclare, comme chez un homozygote (F508del//F508del).

Piège : croire qu'une personne qui porte deux allèles différents est forcément une porteuse saine. Ce qui compte est le nombre d'allèles FONCTIONNELS, ici zéro.

d)

Chez une personne (N//F508del), l'allèle normal s'exprime et fait produire des canaux CFTR fonctionnels.

Leur nombre suffit, dans les conditions habituelles, à exporter assez d'ions chlorure et d'eau : le mucus reste fluide, le phénotype est sain. C'est la définition d'un allèle muté récessif : son effet ne se voit que s'il n'y a aucun allèle normal.

La personne reste porteuse : elle peut transmettre l'allèle F508del à un enfant, avec la probabilité 12\frac{1}{2}.

e)

Génotype : deux allèles mutés du gène CFTR.

Échelle moléculaire : aucune protéine CFTR fonctionnelle dans la membrane des cellules bronchiques.

Échelle cellulaire : les ions chlorure, puis l'eau, ne sortent plus ; la surface de l'épithélium se dessèche.

Échelle de l'organisme : un mucus épais colle aux cils, n'est plus évacué, et retient des bactéries : infections respiratoires à répétition.

La mucoviscidose touche aussi d'autres organes qui portent la protéine CFTR, comme le pancréas ; on s'en tient ici aux bronches.

Exercice 3 : Deux arbres généalogiques : récessif ou dominant ?

10 réponses vérifiables

Deux familles consultent le même jour. Dans la famille R. (document 1), deux enfants sont atteints de phénylcétonurie, une maladie due à un allèle muté du gène PAH. Dans la famille D. (document 2), plusieurs personnes ont une hypercholestérolémie familiale : un taux de cholestérol sanguin très élevé dès l'enfance, qui expose à des accidents cardiovasculaires précoces.

Dans les deux familles, la maladie est monogénique et le gène en cause est porté par un autosome (chromosome non sexuel). Pour la phénylcétonurie, on note A l'allèle normal et a l'allèle muté. Pour l'hypercholestérolémie familiale, on note m l'allèle muté et n l'allèle normal, sans rien supposer de leur dominance.

1234I12345II123IIIhomme sainfemme sainehomme atteintfemme atteinte
Document 1 : la famille R., touchée par la phénylcétonurie
12I12345II1234IIIhomme sainfemme sainehomme atteintfemme atteinte
Document 2 : la famille D., touchée par l'hypercholestérolémie familiale
  • a) À l'aide du document 1, déterminez si l'allèle a est dominant ou récessif. Justifiez par un couple de l'arbre.
  • b) Donnez le génotype de II-2, de I-1, de II-4 et de II-1 (document 1), en justifiant chacun.
  • c) Document 2 : l'hypothèse d'un allèle m dominant est-elle compatible avec l'arbre ? L'hypothèse d'un allèle m récessif est-elle exclue ? Justifiez.
  • d) Dans l'hypothèse dominante, donnez le génotype de II-2 (document 2), puis la probabilité qu'un enfant de II-4 et II-5 soit atteint.
  • e) Expliquez pourquoi le généticien retient l'hypothèse dominante pour la famille D., alors que l'arbre seul ne l'impose pas.

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a)
b)
c)
d)
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Réponses

  • a) Récessif : I-1 et I-2, sains, ont une fille atteinte, II-2
  • b) II-2 aa ; I-1 Aa ; II-4 Aa ; II-1 AA ou Aa
  • c) Dominant compatible ; récessif non exclu, seulement peu probable
  • d) II-2 est mn ; probabilité 12\frac{1}{2}
  • e) Le récessif exigerait trois conjoints porteurs venus d'autres familles, ce qui est très improbable
a)

Je vois que I-1 et I-2 sont sains et ont une fille atteinte, II-2.

Je sais qu'un enfant reçoit un allèle de chacun de ses parents.

J'en déduis que I-1 et I-2 portaient chacun l'allèle a sans être malades : chez eux, a était masqué par A. L'allèle a est récessif. Le couple II-3 et II-4, sain, avec un fils atteint (III-2), le confirme.

b)

II-2 est atteinte d'une maladie récessive : elle est aa.

I-1 est sain, donc il porte au moins un A ; il a transmis un a à II-2 : il est Aa. Même raisonnement pour I-2.

II-4 est saine et a un fils aa (III-2) : elle lui a transmis un a, elle est Aa, comme II-3.

II-1 est sain, né de deux Aa : il peut être AA ou Aa. Rien dans l'arbre ne permet de trancher.

Piège : écrire AA pour tout individu sain. Un phénotype sain dit seulement « au moins un A ».

c)

Hypothèse dominante : chaque personne atteinte doit avoir au moins un parent atteint. Je vérifie : II-2 et II-4 ont leur père I-1 atteint ; III-2 a sa mère II-2 ; III-3 a son père II-4. Elle est compatible.

Hypothèse récessive : les atteints seraient mm. II-2 et II-4 auraient reçu un m de leur mère I-2, III-2 un m de son père II-1, et III-3 un m de sa mère II-5 : I-2, II-1 et II-5, tous sains, devraient être porteurs. C'est possible, donc l'hypothèse n'est pas exclue.

Piège : conclure « dominant » dès qu'une maladie apparaît à chaque génération. L'arbre est COMPATIBLE avec la dominance, il ne la démontre pas.

d)

II-2 est atteinte ; sa mère I-2, saine, est nn dans l'hypothèse dominante et lui a transmis un n : II-2 est mn.

De même, II-4 est mn (sa mère I-2 est nn) et II-5, saine, est nn.

Un enfant reçoit m de II-4 avec la probabilité 12\frac{1}{2} et n de II-5 avec la probabilité 1 :

P(atteint)=12×1=12\displaystyle P(\text{atteint})=\frac{1}{2}\times 1=\frac{1}{2}
e)

L'arbre ne tranche pas seul ; c'est la fréquence de l'allèle qui décide.

L'hypothèse récessive demanderait que trois personnes venues de familles différentes, I-2, II-1 et II-5, soient toutes porteuses d'un allèle rare : un hasard très improbable.

L'hypothèse dominante n'exige aucun hasard de ce genre. De plus, le catalogue des allèles connus du gène en cause décrit cette maladie comme dominante : les hétérozygotes mn sont atteints.

On conclut sur le problème posé : pour la famille D., l'hypothèse dominante est la plus probable, et le risque pour un enfant d'un parent atteint se calcule à 12\frac{1}{2}.

Exercice 4 : Conseil génétique : le risque pour l'enfant attendu

7 réponses vérifiables

Retour à la famille de Samuel (II-2 dans le document). Sa sœur II-1 est atteinte de mucoviscidose ; ses parents et lui ne le sont pas. Samuel et sa compagne Claire (II-3), qui n'a aucun antécédent familial, attendent un garçon (III-1). On note N l'allèle normal du gène CFTR et m un allèle muté, récessif.

Données : en France, environ une personne sur 34 est porteuse saine d'un allèle muté du gène CFTR ; on retient cette probabilité pour Claire tant qu'elle n'a pas été testée. Modèle : chaque parent transmet l'un de ses deux allèles avec la probabilité 12\frac{1}{2}, indépendamment de l'autre parent.

12I123II?1IIIhomme sainfemme sainefemme atteinte?enfant attendu
  • a) Justifiez le génotype de I-1 et de I-2, puis calculez la probabilité qu'un de leurs enfants soit atteint.
  • b) Samuel n'est pas atteint. Montrez que la probabilité qu'il soit porteur vaut 23\frac{2}{3}, et non 12\frac{1}{2}.
  • c) Calculez la probabilité que III-1 soit atteint, puis exprimez-la sous la forme « un risque sur ... ».
  • d) Un test génétique révèle que Claire porte l'allèle F508del. Calculez le nouveau risque pour III-1.
  • e) Le test de Samuel montre ensuite qu'il est, lui aussi, porteur. Donnez le risque pour III-1, puis pour un second enfant du couple si III-1 naît atteint.
  • f) Le généticien dit au couple : « votre risque est passé d'un sur 204 à un sur quatre, mais rien n'est joué ». Expliquez ce qu'est un risque génétique, et ce qu'il n'est pas.

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a)
b)
c)
d)
e)
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Réponses

  • a) I-1 et I-2 sont (N//m) ; 14\frac{1}{4}
  • b) 23\frac{2}{3}
  • c) 1204≈0,0049\frac{1}{204}\approx 0{,}0049, un risque sur 204
  • d) 16\frac{1}{6}
  • e) 14\frac{1}{4} pour III-1, encore 14\frac{1}{4} pour un second enfant
  • f) Une probabilité calculée sur ce que l'on sait, pour chaque naissance, jamais une certitude
a)

I-1 et I-2 ne sont pas atteints, et leur fille II-1 est (m//m) : chacun lui a transmis un m. Ils sont donc tous deux (N//m), porteurs sains.

Un enfant reçoit m de chacun avec la probabilité 12\frac{1}{2}, indépendamment :

P(m//m)=12×12=14\displaystyle P(m//m)=\frac{1}{2}\times\frac{1}{2}=\frac{1}{4}
b)

Pour un enfant de deux (N//m), les quatre combinaisons de gamètes sont équiprobables : (N//N), (N//m), (m//N) et (m//m), chacune 14\frac{1}{4}.

Samuel n'est pas atteint : la combinaison (m//m) est exclue. Il reste trois cas équiprobables, dont deux porteurs :

P(porteur∣non atteint)=2/43/4=23\displaystyle P(\text{porteur}\mid\text{non atteint})=\frac{2/4}{3/4}=\frac{2}{3}

Piège : répondre 12\frac{1}{2}, la probabilité d'être porteur pour un enfant quelconque du couple. Savoir que Samuel est sain change le calcul.

c)

III-1 est atteint si Samuel est porteur, si Claire est porteuse, et s'ils transmettent tous deux m :

P=23×134×14=2408=1204\displaystyle P=\frac{2}{3}\times\frac{1}{34}\times\frac{1}{4}=\frac{2}{408}=\frac{1}{204}

Soit environ 0,00490{,}0049 : un risque sur 204, plus de vingt fois le risque d'environ un sur 4 600 d'un couple sans antécédent (134×134×14\frac{1}{34}\times\frac{1}{34}\times\frac{1}{4}).

d)

Claire est porteuse avec certitude : son facteur passe de 134\frac{1}{34} à 1.

P=23×1×14=16\displaystyle P=\frac{2}{3}\times 1\times\frac{1}{4}=\frac{1}{6}

Le risque est multiplié par 34 : le test a remplacé une fréquence de population par une information sur la personne elle-même.

e)

Les deux parents sont (N//m) : on retrouve la situation de a), P=14P=\frac{1}{4} pour III-1.

Si III-1 naît atteint, un second enfant a encore 14\frac{1}{4} de risque : les deux conceptions sont indépendantes. La naissance de III-1 n'apporte plus d'information, puisque le génotype des parents est déjà connu.

Piège : croire qu'avec un enfant atteint, « le quart est déjà utilisé » et que les trois suivants seront sains.

f)

Un risque génétique est une probabilité, calculée à partir de ce que l'on sait de la famille, des analyses et de la population : il change dès que l'on apprend quelque chose (b, d, e).

Il n'est ni une prédiction pour un enfant donné, ni une proportion obligatoire dans une fratrie : avec un risque d'un sur quatre, l'enfant a trois chances sur quatre de ne pas être atteint.

Le conseil génétique informe le couple de ce risque et des examens possibles (diagnostic prénatal) ; la décision lui appartient.

Exercice 5 : Exposé structuré : d'une mutation à une maladie génétique, et à son traitement

2 réponses vérifiables

Consigne. Expliquez comment la mutation d'un gène peut être à l'origine d'une maladie monogénique transmise selon le mode autosomique récessif, comment on évalue le risque qu'un enfant à naître soit atteint, et quels types de traitements peuvent être envisagés.

Votre exposé est organisé (introduction, développement, conclusion), s'appuie sur des connaissances précises et sur des exemples. Les documents ci-dessous sont une aide : leur analyse n'est pas attendue.

Document a : « La phénylcétonurie touche environ un nouveau-né sur 16 000 en France. Dépistée à la naissance, elle se traite par un régime pauvre en phénylalanine, l'acide aminé que l'enzyme PAH, déficiente, ne transforme plus. » Document b : « Plus de 2 000 allèles mutés du gène CFTR sont recensés. Certains patients atteints de mucoviscidose reçoivent des médicaments qui aident la protéine CFTR mutée à atteindre la membrane, ou à s'y ouvrir. »

  • a) Rédigez l'exposé.
  • b) Idée-clé à vérifier avant de rédiger : chez un hétérozygote pour une maladie récessive, l'allèle normal...
  • c) Idée-clé à vérifier : le régime de la phénylcétonurie agit...

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b)
c)
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Réponses

  • a) Exposé en trois parties : de la mutation à la maladie, transmission et risque, traitements
  • b) Il suffit en général à assurer la fonction : l'hétérozygote est sain
  • c) En contrôlant le milieu (moins de phénylalanine), sans toucher au gène
a)

Un plan possible.

Introduction : une maladie génétique monogénique dépend d'un seul gène ; certains allèles mutés de ce gène, hérités des parents ou nouvellement apparus, altèrent son produit. Problème : comment une mutation devient-elle une maladie, comment prévoir sa transmission, comment la soigner ?

I. De la mutation au phénotype. Une mutation modifie la séquence d'un allèle ; la protéine produite est absente, raccourcie ou modifiée (exemple : la protéine CFTR qui n'atteint pas la membrane). Le phénotype se lit à trois échelles : moléculaire, cellulaire, organisme. Dans le mode récessif, seuls les homozygotes pour l'allèle muté sont atteints ; l'hétérozygote, porteur sain, garde un allèle qui suffit en général à la fonction.

II. Transmission et risque. L'arbre généalogique établit le mode de transmission : deux parents sains qui ont un enfant atteint signent un allèle récessif. Le conseil génétique calcule une probabilité : 14\frac{1}{4} par enfant pour deux porteurs, 23\frac{2}{3} d'être porteur pour le frère sain d'un enfant atteint, la fréquence des porteurs dans la population pour un conjoint sans antécédent, une valeur qui change après un test.

III. Traitements. Selon les tissus touchés, l'âge d'apparition et la sévérité : contrôler le milieu (régime de la phénylcétonurie, commencé dès le dépistage), compenser la fonction altérée par des médicaments (protéine CFTR aidée à atteindre la membrane), envisager une thérapie génique qui apporte un allèle fonctionnel aux cellules du tissu atteint, sans modifier ce que le patient transmet.

Conclusion : le génotype ne se voit pas, il se déduit ; le risque est une probabilité ; le traitement agit sur le milieu, sur la fonction ou sur le gène, rarement sur la cause.

Éléments attendus : gène, allèle, mutation, génotype, phénotype, homozygote, hétérozygote, porteur sain, autosomique, récessif, arbre généalogique, risque génétique, conseil génétique, thérapie génique ; au moins deux exemples précis (phénylcétonurie, mucoviscidose).

Grille courte : organisation (introduction qui pose le problème, parties titrées, conclusion qui y répond), 3 points ; exactitude et complétude des connaissances, 5 points ; exemples et vocabulaire, 2 points.

Piège : recopier les documents au lieu d'exposer. Ils rappellent des exemples ; la note vient du raisonnement.

b)

Réponse : l'allèle normal suffit en général à assurer la fonction ; la personne est saine.

C'est ce que veut dire « récessif » pour l'allèle muté : son effet ne se voit qu'en l'absence d'allèle normal. « Masqué par l'allèle muté » inverse les rôles.

c)

Réponse : en contrôlant le milieu. Le régime limite l'apport de phénylalanine, que l'enzyme déficiente ne transforme plus : la substance ne s'accumule pas.

Le génotype reste aa : le régime soigne les effets, pas la cause, et doit être suivi longtemps.

Partie B : pratiquer un raisonnement scientifique (/50)

Exercice 6 : Le catalogue des allèles du gène CFTR : du génotype à la sévérité

9 réponses vérifiables

Le laboratoire du service a séquencé le gène CFTR de plusieurs patients et mesuré, chez eux et chez des membres de leur famille, la concentration d'ions chlorure dans la sueur (test de la sueur). Ce test reflète le fonctionnement de la protéine CFTR des glandes sudoripares. La protéine normale compte 1 480 acides aminés.

Seuils du laboratoire : moins de 30 mmol/L30\ \mathrm{mmol/L}, résultat normal ; 60 mmol/L60\ \mathrm{mmol/L} ou plus, mucoviscidose confirmée ; entre les deux, zone intermédiaire qui demande d'autres examens.

ATCATCTTTGGTGTT5′3′allèle normalATCAT---TGGTGTT5′3′allèle F508del506507508509510codon n°
Document 1 : brin codant du gène CFTR, codons 506 à 510, allèle normal et allèle F508del ; les tirets marquent les nucléotides absents de l'allèle muté
Codon de l'ARNmAUCAUUUUUGGUGUUGGAUGA
Acide aminéIleIlePheGlyValGlySTOP
Document 2 : extrait du code génétique (Ile isoleucine, Phe phénylalanine, Gly glycine, Val valine ; STOP arrête la traduction)
AllèleModification du brin codantEffet sur la protéine CFTR
F508deldocument 1protéine mal repliée, en grande partie détruite avant d'atteindre la membrane
G542Xcodon 542 : GGA devient TGAquestion c)
G551Dune substitution dans le codon 551protéine dans la membrane, mais canal qui s'ouvre très peu
R117Hune substitution dans le codon 117canal dans la membrane et ouvert, mais qui laisse passer moins d'ions chlorure
Document 3 : quatre allèles du catalogue des allèles mutés du gène CFTR
N/NN/FF/RF/GF/F020406080100120génotypechlorure dans la sueur (mmol/L)3060
Document 4 : test de la sueur de 30 personnes, six par génotype (données fictives). N : allèle normal ; F : F508del ; R : R117H ; G : G551D
  • a) Comparez les deux séquences du document 1. Combien de nucléotides l'allèle F508del a-t-il perdus ? Le cadre de lecture est-il décalé après la délétion ?
  • b) Traduisez les codons 506 à 510 des deux allèles à l'aide du document 2 (pour l'ARNm, remplacer T par U). Quel acide aminé la protéine F508del a-t-elle perdu, et combien d'acides aminés compte-t-elle ?
  • c) Identifiez le type de la mutation G542X (document 3), puis calculez le nombre maximal d'acides aminés de la protéine produite.
  • d) Relevez dans le document 4 la plus faible valeur des patients F/F et la plus forte valeur des personnes N/F. Situez-les par rapport aux seuils.
  • e) Comptez les patients F/R qui atteignent le seuil de 60 mmol/L60\ \mathrm{mmol/L}. Expliquez, à l'aide du document 3, pourquoi ce génotype donne en moyenne des valeurs plus faibles que F/F.
  • f) Mettez en relation les documents pour montrer que la sévérité de la maladie dépend des DEUX allèles d'un patient, et que le génotype N/F correspond à un phénotype sain.

Tape tes réponses, la page te dit juste ou faux 0/9

a)
b)
c)
d)
e)
Voir la correction

Réponses

  • a) 3 nucléotides perdus (CTT) ; cadre non décalé
  • b) Normal : Ile Ile Phe Gly Val ; F508del : Ile Ile Gly Val ; Phe 508 perdue, 1 479 acides aminés
  • c) Substitution non-sens ; 541 acides aminés au plus
  • d) F/F : 88 mmol/L au minimum, au-dessus de 60 ; N/F : 29 mmol/L au maximum, sous 30
  • e) 2 patients F/R sur 6 ; l'allèle R117H garde une fonction partielle
  • f) Sévérité selon les deux allèles ; un allèle N suffit à un test normal
a)

Je vois que l'allèle F508del a trois tirets à la place des nucléotides C, T, T (positions 6 à 8 de l'extrait) : trois nucléotides perdus, une délétion.

Je sais que l'ARNm est lu par codons de trois nucléotides.

J'en déduis que la lecture n'est pas décalée : trois est un multiple de trois, et après la délétion les codons GGT puis GTT se retrouvent intacts.

Piège : annoncer un décalage du cadre dès qu'il y a une délétion. Il n'a lieu que si le nombre de nucléotides perdus n'est pas un multiple de trois.

b)

Allèle normal, codons ATC ATC TTT GGT GTT, donc ARNm AUC AUC UUU GGU GUU : Ile Ile Phe Gly Val.

Allèle F508del, codons ATC ATT GGT GTT, donc ARNm AUC AUU GGU GUU : Ile Ile Gly Val.

Le codon 507 change (ATC devient ATT) mais code toujours Ile, grâce à la redondance du code : la protéine perd seulement la phénylalanine 508.

1 480−1=1 4791\,480-1=1\,479 acides aminés : une protéine presque entière, mais mal repliée (document 3), donc détruite avant d'atteindre la membrane.

c)

GGA devient TGA : un seul nucléotide remplacé, G par T, est une substitution.

Sur l'ARNm, GGA (Gly) devient UGA, un codon STOP : c'est une mutation non-sens.

La traduction s'arrête avant le codon 542 :

542−1=541542-1=541 acides aminés au plus, au lieu de 1 480 : une protéine tronquée, non fonctionnelle.

d)

Je relève : la plus faible valeur des F/F vaut environ 88 mmol/L88\ \mathrm{mmol/L}, au-dessus du seuil de 60 ; la plus forte valeur des N/F vaut environ 29 mmol/L29\ \mathrm{mmol/L}, sous le seuil de 30.

Les deux groupes ne se recouvrent pas : tous les F/F sont dans la zone « mucoviscidose confirmée », toutes les personnes N/F dans la zone normale.

e)

Les valeurs des F/R s'étalent de 38 à 71 mmol/L71\ \mathrm{mmol/L} : seules 64 et 71 atteignent 60, donc 2 patients sur 6 ; les quatre autres sont en zone intermédiaire.

Le document 3 indique que la protéine R117H atteint la membrane et s'ouvre, mais laisse passer moins d'ions chlorure : elle garde une fonction partielle.

Chez un patient F/R, l'allèle F ne produit presque rien dans la membrane, mais l'allèle R produit un canal qui fonctionne un peu : la sueur est moins salée que chez un F/F, dont aucun allèle ne produit de canal fonctionnel dans la membrane.

f)

Je vois que, pour un même allèle F, le résultat dépend du second allèle : N/F normal, F/R le plus souvent intermédiaire, F/G et F/F nettement au-dessus de 60 (documents 3 et 4).

Je sais que les deux allèles d'un gène s'expriment, et que le phénotype dépend de la quantité de protéine fonctionnelle produite par l'ensemble des deux.

J'en déduis que la sévérité dépend des DEUX allèles : un allèle N suffit à un test normal (phénotype sain, allèle F récessif) ; un allèle partiellement fonctionnel (R117H) donne une forme atténuée ; deux allèles sans fonction (F/F, ou F/G dont le canal s'ouvre très peu) donnent les valeurs les plus hautes.

C'est l'intérêt d'un catalogue d'allèles : relier un génotype à un phénotype attendu, et choisir un traitement adapté à l'allèle (un médicament qui aide un canal G551D à s'ouvrir n'aide pas une protéine tronquée G542X).

Piège : conclure sur les documents (« les F/F ont des valeurs élevées ») au lieu de répondre au problème : la sévérité dépend de la combinaison des deux allèles.

Exercice 7 : Phénylcétonurie : soigner en contrôlant le milieu

7 réponses vérifiables

Retour à la famille R. de l'exercice 3 : son dernier-né, III-2, de génotype aa, a été dépisté à trois jours de vie. L'enzyme PAH, produite surtout par le foie, transforme la phénylalanine, un acide aminé apporté par les protéines de l'alimentation, en tyrosine. Accumulée dans le sang, la phénylalanine est toxique pour le cerveau en développement.

Chez un nouveau-né non atteint, la phénylalanine sanguine reste sous 120 μmol/L120\ \mu\mathrm{mol/L}. Le régime de III-2, pauvre en phénylalanine, commence au huitième jour ; la zone visée va de 120 à 360 μmol/L360\ \mu\mathrm{mol/L}.

020406080100génotypeactivité de la PAH (%)AAAaaa1,5 %
Document 1 : activité de la PAH du foie selon le génotype, en pourcentage de l'activité moyenne des personnes AA (données fictives)
0510152025303540300600900120015001800âge (jours)phénylalanine sanguine (µmol/L)zone viséedébut du régime
Document 2 : phénylalanine sanguine de III-2 au cours de ses quarante premiers jours (données fictives)
  • a) Relevez la phénylalanine sanguine de III-2 au troisième jour (document 2), puis calculez combien de fois elle dépasse la limite de 120 μmol/L120\ \mu\mathrm{mol/L}.
  • b) À la naissance, la phénylalanine de III-2 est normale. Choisissez l'explication qui convient, sachant que sa mère II-4 est Aa et que le sang du fœtus échange des molécules avec celui de sa mère par le placenta.
  • c) Relevez l'activité de la PAH des personnes Aa (document 1). Expliquez pourquoi elles ne sont pas malades.
  • d) Déterminez au bout de combien de jours de régime la phénylalanine de III-2 entre dans la zone visée.
  • e) Classez le régime parmi les trois stratégies de traitement : compenser la fonction altérée par un médicament, contrôler les conditions de milieu, thérapie génique. Expliquez pourquoi il doit commencer dans les premières semaines de vie et se poursuivre longtemps.
  • f) Le régime corrige-t-il le génotype de III-2 ? Comparez avec une thérapie génique qui apporterait un allèle A fonctionnel aux cellules de son foie.

Tape tes réponses, la page te dit juste ou faux 0/7

a)
b)
c)
d)
e)
f)
Voir la correction

Réponses

  • a) 1 200 μmol/L1\,200\ \mu\mathrm{mol/L}, soit 10 fois la limite
  • b) La mère, qui possède un allèle A, éliminait l'excès de phénylalanine avant la naissance
  • c) Environ 48 % : la moitié de l'activité suffit à garder une phénylalanine normale
  • d) Environ 10 jours de régime (vers le jour 18)
  • e) Contrôler les conditions de milieu, tôt et longtemps, pendant le développement du cerveau
  • f) Non : le génotype reste aa ; une thérapie génique viserait le tissu atteint, le foie
a)

Je lis au jour 3 une phénylalanine d'environ 1 200 μmol/L1\,200\ \mu\mathrm{mol/L}.

1 200120=10\displaystyle \frac{1\,200}{120}=10

Elle dépasse donc dix fois la limite : l'enfant, qui boit du lait depuis sa naissance, accumule l'acide aminé que son enzyme ne transforme plus.

b)

Pendant la grossesse, le sang du fœtus échange des molécules avec celui de sa mère. La mère, Aa, possède une PAH active : elle transformait l'excès de phénylalanine du fœtus.

Après la naissance, ce relais disparaît, et l'alimentation apporte des protéines : la phénylalanine monte en quelques jours (document 2). C'est pourquoi le dépistage se fait au troisième jour, et non à la naissance.

Piège : croire que l'allèle a « attend » la naissance pour s'exprimer. Le génotype est le même avant et après ; c'est le milieu qui a changé.

c)

Je lis une activité d'environ 48 % chez les Aa, contre 100 % chez les AA et presque rien chez les aa.

Je sais que les Aa ont une phénylalanine sanguine normale : la moitié de l'activité enzymatique suffit, dans les conditions habituelles, à transformer la phénylalanine apportée par l'alimentation.

J'en déduis que l'allèle a est récessif à l'échelle moléculaire elle-même : il suffit d'un allèle A pour produire assez d'enzyme.

d)

Je lis que la courbe passe de 450450 au jour 16 à 330 μmol/L330\ \mu\mathrm{mol/L} au jour 18 : elle franchit 360360 vers le jour 17 ou 18.

Le régime commence au jour 8 :

18−8=1018-8=10 jours environ

Ensuite, la valeur reste dans la zone visée, autour de 250 μmol/L250\ \mu\mathrm{mol/L} : le régime est efficace.

e)

Le régime limite l'apport de phénylalanine : il contrôle les conditions de milieu, sans toucher à l'enzyme ni au gène.

Il doit commencer tôt, parce que la phénylalanine est toxique pour un cerveau en plein développement : chaque semaine à 1 500 ou 1 700 μmol/L1\,700\ \mu\mathrm{mol/L} expose à des lésions qui ne se rattrapent pas.

Il dure longtemps, parce que l'enzyme ne sera jamais produite en quantité suffisante : arrêter le régime, c'est revenir au document 2 avant le jour 8. La phénylalanine reste toutefois nécessaire en petite quantité, car c'est un acide aminé des protéines : le régime la réduit sans la supprimer.

f)

Non : le régime agit sur le milieu ; les cellules de III-2 restent aa, et la PAH reste déficiente.

Une thérapie génique viserait la cause : apporter un allèle A fonctionnel aux cellules du tissu atteint, le foie, pour qu'elles produisent l'enzyme. Elle ne modifierait que ces cellules somatiques : III-2 pourrait toujours transmettre l'allèle a. Pour cette maladie, elle relève aujourd'hui de la recherche.

Piège : dire que le régime « guérit » la phénylcétonurie. Il en empêche les effets, tant qu'il est suivi.

Exercice 8 : Cinq affirmations à corriger

5 réponses vérifiables

En salle d'attente du service de génétique, une interne a noté cinq phrases entendues. Pour chacune, dites si elle est vraie ou fausse, puis corrigez celles qui sont fausses.

  • a) « Mes deux parents sont sains : je ne peux donc pas être atteint d'une maladie génétique héréditaire. »
  • b) « Nous avons déjà un enfant atteint de mucoviscidose : nos trois prochains enfants seront donc sains. »
  • c) « Le frère non atteint d'un enfant atteint d'une maladie autosomique récessive a deux chances sur trois d'être porteur, si les deux parents sont porteurs et qu'on ne sait rien d'autre de lui. »
  • d) « Après une thérapie génique de ses cellules bronchiques, un patient atteint de mucoviscidose ne transmettra plus l'allèle muté à ses enfants. »
  • e) « Les chercheurs ont trouvé le gène du diabète de type 2 : ceux qui portent l'allèle à risque deviendront diabétiques. »

Tape tes réponses, la page te dit juste ou faux 0/5

a)
b)
c)
d)
e)
Voir la correction

Réponses

  • a) Fausse : deux parents porteurs sains peuvent avoir un enfant atteint
  • b) Fausse : 14\frac{1}{4} de risque à chaque naissance
  • c) Vraie : 23\frac{2}{3}, une fois exclu le génotype homozygote muté
  • d) Fausse : seules les cellules bronchiques sont modifiées
  • e) Fausse : l'allèle rend la maladie plus probable, pas certaine
a)

Fausse.

Dans une maladie récessive, deux parents sains peuvent être porteurs (hétérozygotes) : chaque enfant a alors 14\frac{1}{4} de risque d'être atteint. C'est même la situation la plus fréquente : la plupart des enfants atteints d'une maladie récessive ont des parents sains.

Correction : « Mes parents sont sains, mais ils peuvent être porteurs d'un allèle récessif ; seul un arbre ou un test permet d'estimer le risque. »

b)

Fausse.

Chaque conception est un tirage indépendant : pour deux parents porteurs, chaque enfant a 14\frac{1}{4} de risque, quel que soit le nombre d'enfants déjà atteints.

P(trois enfants sains)=(34)3=2764≈0,42\displaystyle P(\text{trois enfants sains})=\left(\frac{3}{4}\right)^{3}=\frac{27}{64}\approx 0{,}42

Correction : « Chacun de nos prochains enfants a un risque sur quatre d'être atteint ; trois enfants sains de suite arrivent un peu moins d'une fois sur deux. »

c)

Vraie, dans les conditions énoncées.

Parmi les quatre cas équiprobables pour un enfant de deux porteurs, le cas homozygote muté est exclu, puisque le frère n'est pas atteint ; il reste trois cas, dont deux porteurs : 23\frac{2}{3}.

La condition « on ne sait rien d'autre » compte : un test génétique du frère remplacerait cette probabilité par une certitude.

d)

Fausse.

La thérapie génique envisagée apporte un allèle fonctionnel aux cellules de l'épithélium bronchique, des cellules somatiques. Les cellules reproductrices ne sont pas modifiées : le patient transmet un allèle muté à chacun de ses enfants, avec une certitude s'il est homozygote.

Correction : « Elle vise à rétablir la fonction dans les bronches ; elle ne change pas ce que le patient transmet. »

e)

Fausse.

Le diabète de type 2 est multifactoriel : de nombreux gènes, pas tous connus, et le mode de vie (activité physique, alimentation) interviennent. Un allèle de susceptibilité rend la maladie plus probable ; la plupart de ses porteurs ne deviennent pas diabétiques (exercice 9).

Correction : « Un allèle de ce gène augmente le risque de diabète de type 2, surtout associé à un mode de vie sédentaire, sans rendre la maladie certaine. »

Piège : l'expression « le gène de » une maladie. Un gène a une fonction normale ; certains de ses allèles modifient un risque.

Exercice 9 : Diabète de type 2 : ce que disent une étude descriptive et une cohorte

11 réponses vérifiables

Le service d'épidémiologie de l'hôpital étudie le diabète de type 2, une maladie multifactorielle. La prévalence est la proportion de personnes malades à un moment donné ; l'incidence en dix ans est la proportion de personnes qui deviennent malades pendant ces dix ans.

Document 2 : une cohorte de 11 000 adultes de 40 à 60 ans, non diabétiques au départ, a été suivie pendant dix ans. On a relevé au départ leur génotype pour un marqueur du gène TCF7L2 (allèles C et T) et leur activité physique, puis compté les personnes devenues diabétiques (données fictives, d'un ordre de grandeur voisin des études publiées).

05101520classe d'âge (ans)prévalence (%)18-2930-4445-5960-7475 et +
Document 1 : prévalence du diabète de type 2 par classe d'âge dans la région de l'hôpital (épidémiologie descriptive, données fictives)
GénotypeActivité physiquePersonnes suiviesDevenues diabétiques en 10 ans
CCactifs3 000150
CCsédentaires2 400240
CTactifs2 500175
CTsédentaires2 100294
TTactifs50045
TTsédentaires50090
Document 2 : résultats de la cohorte (épidémiologie analytique, données fictives)
  • a) Relevez la prévalence chez les 60-74 ans (document 1) et décrivez son évolution avec l'âge. Cette étude descriptive suffit-elle à établir la cause de la maladie ?
  • b) Calculez l'incidence en dix ans, en pourcentage, chez les CC actifs, les TT actifs et les TT sédentaires.
  • c) Calculez le risque relatif des TT par rapport aux CC chez les actifs, puis celui des sédentaires par rapport aux actifs chez les CC. Comparez ces deux effets.
  • d) Calculez la part des TT sédentaires qui ne sont pas devenus diabétiques en dix ans, puis la part des 994 nouveaux cas qui portent le génotype CC.
  • e) Un journal titre : « Le gène du diabète découvert : les porteurs de l'allèle T deviendront diabétiques. » Critiquez ce titre à l'aide de vos résultats.
  • f) Identifiez le type d'étude du document 2. Expliquez ce qu'il permet de calculer, et donnez une limite de cette étude.

Tape tes réponses, la page te dit juste ou faux 0/11

a)
b)
c)
d)
e)
f)
Voir la correction

Réponses

  • a) 13 % chez les 60-74 ans ; la prévalence croît avec l'âge ; non, une description ne prouve pas une cause
  • b) 5 % ; 9 % ; 18 %
  • c) 1,8 pour le génotype ; 2 pour la sédentarité ; effets du même ordre, qui se cumulent
  • d) 82 % ; 39,2 % des cas sont CC
  • e) L'allèle T augmente le risque sans le rendre certain : titre faux
  • f) Cohorte : elle calcule une incidence par groupe ; limite : facteurs non mesurés, données déclarées
a)

Je lis 13 % chez les 60-74 ans. La prévalence croît avec l'âge : moins de 1 % avant 30 ans, puis 1,8 %, 6,5 %, 13 % et 17,5 % après 75 ans.

Non : une étude descriptive constate une association à un moment donné. Elle suggère des hypothèses (âge, mais aussi poids ou sédentarité, qui varient avec l'âge) sans les tester : c'est le rôle de l'épidémiologie analytique, ici la cohorte du document 2.

b)

L'incidence est le nombre de nouveaux cas divisé par le nombre de personnes suivies :

1503 000=5 %\frac{150}{3\,000}=5\ \% chez les CC actifs ; 45500=9 %\frac{45}{500}=9\ \% chez les TT actifs ; 90500=18 %\frac{90}{500}=18\ \% chez les TT sédentaires.

La figure du corrigé donne les six incidences : chaque groupe sédentaire a une incidence double de celle des actifs de même génotype.

c)

Le risque relatif compare deux incidences, une seule variable changeant à la fois.

Génotype, chez les actifs : 95=1,8\frac{9}{5}=1{,}8.

Sédentarité, chez les CC : 105=2\frac{10}{5}=2.

Les deux effets sont du même ordre et se cumulent : les TT sédentaires ont un risque 185=3,6\frac{18}{5}=3{,}6 fois celui des CC actifs. Le mode de vie pèse autant que le génotype étudié, et lui, se modifie.

d)

TT sédentaires non diabétiques : 100−18=82 %100-18=82\ \%.

Part des CC parmi les cas : 150+240994=390994≈39,2 %\frac{150+240}{994}=\frac{390}{994}\approx 39{,}2\ \%.

Plus d'un nouveau cas sur trois n'a aucun allèle T : la maladie apparaît largement sans cet allèle.

e)

Le titre est faux deux fois.

« Deviendront diabétiques » : 82 % des TT sédentaires, le groupe le plus exposé, ne le sont pas devenus en dix ans (d). L'allèle T rend le diabète plus probable, il ne le rend pas certain.

« Le gène du diabète » : 39,2 % des cas n'ont aucun allèle T, et la sédentarité double le risque (c). La maladie dépend de nombreux gènes et du mode de vie.

Piège : passer d'une association statistique (« plus probable chez ») à une détermination (« ceux qui portent... deviendront »).

f)

C'est une étude de cohorte : des personnes non malades au départ, classées selon leurs expositions, sont suivies dans le temps.

Elle permet de calculer une incidence dans chaque groupe, donc un risque relatif. Une étude cas-témoins part au contraire de malades et de témoins, et ne donne pas directement d'incidence.

Limites possibles : d'autres facteurs non mesurés (alimentation, poids) peuvent différer entre les groupes ; l'activité physique est déclarée au départ et peut changer en dix ans ; les données d'une seule région ne valent pas pour toutes les populations.

05101520génotypenouveaux cas en 10 ans (%)CCCTTTactifssédentaires

Exercice 10 : Problème : bêta-thalassémie, un enfant attendu

11 réponses vérifiables

Inès (II-2) et Karim (II-3) consultent au service : ils attendent un enfant (III-1). Le frère d'Inès, II-1, est atteint de bêta-thalassémie majeure, une anémie sévère qui demande des transfusions dès la petite enfance. La maladie est autosomique récessive ; elle est due à des allèles mutés du gène HBB, qui gouverne la synthèse de la chaîne bêta de l'hémoglobine. Karim n'a aucun antécédent familial connu.

Consigne. À partir de l'exploitation des documents et de vos connaissances, déterminez le risque que l'enfant attendu soit atteint de bêta-thalassémie majeure, puis montrez que les traitements possibles n'agissent pas tous au même niveau.

Pour vous aider, vous pouvez suivre les questions a) à e) ; elles ne sont pas obligatoires.

1234I1234II?1IIIhomme sainfemme sainehomme atteint?enfant attendu
Document 1 : les familles d'Inès (II-2) et de Karim (II-3)
HémoglobineChaînesPart chez un adulte non porteur
HbA2 alpha + 2 bêtaenviron 97 %
HbA22 alpha + 2 delta2 à 3,3 %
HbF (fœtale)2 alpha + 2 gammamoins de 1 %
Document 2 : les hémoglobines de l'adulte. Une part d'HbA2 au-dessus de 3,5 % signale, en l'absence d'autre cause, un porteur d'un allèle muté du gène HBB
réf.témoinInèsKarimII-1HbA2HbFHbA−+migration
Document 3a : électrophorèse des hémoglobines (prélèvement de II-1 avant toute transfusion ; réf. : mélange de référence des trois hémoglobines)
PersonneHbA (%)HbA2 (%)HbF (%)
témoin97,12,60,3
Inès94,05,20,8
Karim93,85,01,2
II-10,04,195,9
Document 3b : parts mesurées de chaque hémoglobine (données fictives)
TraitementPrincipe
Transfusions toutes les 3 à 4 semaines, et médicament qui élimine l'excès de ferapporter des globules rouges de donneurs, qui contiennent de l'HbA
Greffe de cellules souches de moelle osseuse d'un donneur compatibleles cellules du donneur fabriquent des globules rouges qui contiennent de l'HbA
Thérapie génique, proposée à certains patients dans certains paysprélever les cellules souches de la moelle du patient, leur ajouter une copie fonctionnelle du gène HBB, puis les lui réinjecter
Document 4 : trois traitements de la bêta-thalassémie majeure
  • a) Document 1 : déterminez le génotype des parents d'Inès, puis la probabilité qu'Inès, non atteinte, soit porteuse avant toute analyse.
  • b) Documents 2 et 3 : Inès et Karim sont-ils porteurs ? Justifiez par une valeur.
  • c) Expliquez pourquoi II-1 n'a pas d'HbA, et pourquoi il fabrique pourtant de l'HbA2 et de l'HbF.
  • d) Calculez le risque que III-1 soit atteint. Comparez-le au risque estimé avant les analyses, en retenant pour Karim une probabilité de 120\frac{1}{20} d'être porteur (valeur choisie pour l'exercice).
  • e) Document 4 : pour chaque traitement, indiquez à quel niveau il agit.

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Réponses

  • a) Les deux parents sont hétérozygotes ; 23\frac{2}{3}
  • b) Oui pour les deux : HbA2 de 5,2 % et 5,0 %, au-dessus de 3,5 %
  • c) Aucune chaîne bêta, donc pas d'HbA ; les chaînes delta et gamma, d'autres gènes, donnent HbA2 et HbF
  • d) 14\frac{1}{4} ; 1120\frac{1}{120} avant analyses, soit 30 fois moins
  • e) Transfusion : apporte l'hémoglobine ; greffe : remplace les cellules ; thérapie génique : corrige le génotype
a)

Document 1. Je vois que II-1 est atteint et que ses parents I-1 et I-2 sont sains.

Je sais que la maladie est récessive : II-1 a reçu un allèle muté de chacun.

J'en déduis que I-1 et I-2 sont hétérozygotes. Inès n'est pas atteinte : parmi les trois cas équiprobables qui restent, deux sont porteurs, d'où P=23P=\frac{2}{3} avant toute analyse.

b)

Documents 2 et 3. Je relève une part d'HbA2 de 5,2 % chez Inès et de 5,0 % chez Karim, contre 2,6 % chez le témoin ; sur le gel, leurs bandes HbA2 sont plus marquées que celle du témoin.

Je sais qu'une part d'HbA2 au-dessus de 3,5 % signale un porteur (document 2).

J'en déduis qu'Inès et Karim sont tous deux porteurs : l'analyse remplace la probabilité 23\frac{2}{3} d'Inès par une certitude, et révèle un porteur que l'arbre de Karim ne laissait pas soupçonner.

Piège : déclarer Karim non porteur parce que sa famille n'a aucun malade. Un allèle récessif peut passer plusieurs générations sans se manifester.

c)

L'HbA contient deux chaînes bêta (document 2). II-1 a deux allèles mutés du gène HBB qui ne permettent de produire aucune chaîne bêta : 0 % d'HbA (document 3b), aucune bande HbA sur le gel.

L'HbA2 et l'HbF contiennent des chaînes delta et gamma, produites par d'autres gènes, intacts : II-1 en fabrique, et l'HbF fœtale, qui persiste, forme presque toute son hémoglobine (95,9 %). Elle ne suffit pas à éviter une anémie sévère.

Le phénotype se lit à l'échelle moléculaire : une chaîne absente, donc une hémoglobine absente.

d)

Inès et Karim sont hétérozygotes ; chacun transmet l'allèle muté avec la probabilité 12\frac{1}{2} :

P=12×12=14\displaystyle P=\frac{1}{2}\times\frac{1}{2}=\frac{1}{4}

Avant les analyses : 23×120×14=1120\frac{2}{3}\times\frac{1}{20}\times\frac{1}{4}=\frac{1}{120}

1/41/120=30\frac{1/4}{1/120}=30 : les analyses ont multiplié l'estimation du risque par 30. Un risque n'est pas une propriété fixe de l'enfant, c'est une probabilité qui dépend de ce que l'on sait des parents.

e)

Transfusions : elles apportent des globules rouges de donneurs, donc de l'HbA ; elles compensent la fonction altérée, à refaire toute la vie, sans toucher aux cellules ni au gène.

Greffe : les cellules souches du donneur remplacent les cellules qui fabriquent les globules rouges.

Thérapie génique : on corrige le génotype des cellules souches du patient lui-même, celles du tissu atteint ; les cellules reproductrices ne sont pas modifiées.

Réponse au problème.

Saisie des documents : l'arbre (document 1) montre une maladie récessive chez le frère d'Inès ; les parts d'HbA2 (documents 2 et 3) montrent qu'Inès et Karim sont porteurs ; le document 4 décrit trois traitements.

Mise en relation : deux porteurs ont, à chaque naissance, une probabilité 14\frac{1}{4} d'avoir un enfant homozygote muté, sans chaîne bêta ni HbA, comme II-1.

Conclusion : l'enfant attendu a un risque de 14\frac{1}{4} d'être atteint de bêta-thalassémie majeure, et trois chances sur quatre de ne pas l'être ; un diagnostic prénatal peut être proposé au couple. S'il est atteint, les traitements agissent à trois niveaux : sur le phénotype (transfusions), sur les cellules qui fabriquent les globules rouges (greffe), sur le génotype de ces cellules (thérapie génique).

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© Ahmed Squalli Houssaini. Série publiée sur www.letuteurscientifique.ca/exercices/1svt-maladies-genetiques. Libre pour l'usage personnel et en classe ; sa republication ailleurs demande une autorisation écrite (mentions légales).

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